バージョン4.9.0a(64bit)にてクラッシュする手順を見つけましたので報告します。
穴埋めで「中央に頂点を配置」でかつ「線を含む場合」にクラッシュするようです。

再現手順は以下の通りです。
1.基本図形で円柱を作成
2.側面部の1面を削除
3.面の作成で「線」を選択し、2.で削除した面の輪郭部の上下を繋ぐ線を引く
4.穴埋めコマンドを選択し、「穴埋め」「中心に頂点を配置」状態で3.で開けた穴の側面を選択する

以上です。