>あとボーンリストで選択ボーン右クリックのダミーをチェック、もしくはボーン設定内基本情報でダミーのチェックを入れても、他のボーンに影響するようです。
こちらの件は"対称"にチェック入ってたのが原因でした…

>最新版だと、ダミー設定にしたボーンはMaya上でNull(ロケーター)になってたと思いますが、ボーンとして出力されてしまってるようです。

これは何についての話でしょうか？
言葉が抜け落ちているのかどう解釈すればいいのかよくわかりませんの、具体的に何をどうしてどうなっているのかといった詳細をお願いいたします。

返答、ご確認ありがとうございます。
その後に詳しく調べたところ、V4.8.2にて対応された以下の内容について、ボーンのダミーにチェックを入れたらNullになると勘違いしてました。

改めて整理してお伝えしますと
ボーンのダミーにチェックを入れた場合、FBXの入出力でNullにしていただけるようなオプションでも良いので、Nullとして入出力出来ますと、MayaでNullの階層も含めたデータ構成も崩れずやり取り出来て助かります。