「ダミー」はそのボーンにウェイトを割り当てないようにします。ONになっているとスキン設定時などにウェイトが自動で割り当てられず、ペイントでの手動調整時にもボーン自体が選択できないようになります。

各項目についてそれぞれ確認しました。次のβリリースでテンプレートを修正します。

数値指定で面張りをしたときに選択辺の両側の辺の傾斜も考慮した面の生成をしてほしい。
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現状はこうなるところが(上が生やした面です)
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こう生えてほしいです

>1)スキニングで回転させたときに一つのボーンから複数のボーンが分岐した構造の場合に分岐しているボーンが全て回転してしまうのは仕様ですか?

回転とは「回転」操作のことですか？
「回転」は常に選択したノードが回転して、それに伴って当然子ノードも連動するので、文脈からして「移動」操作のほうではないかと思いますが、

ボーン設定で「ノードの移動」がONになっていない子ノードを「移動」で移動させたとき、実際には親ノードが回転して、それに伴い子ノードも移動するような形となります。
子ノードのみを移動させたい場合、「ノードの移動」をONにしてください。こうすると親ノードは回転せずに子ノードが移動します。こちらは他のソフトでも同様の一般的な操作方法となりますが、長さの変わらない剛体の骨を扱う場合は前者の操作方法のほうが便利なので、デフォルトでOFFになっています。

>回転とは「回転」操作のことですか？
回転操作です。
4.6のボーンリストをボーン表示にしたときの操作が自然に感じます。
4.7はノードモードオンリーですけど、分岐させたボーンを別々に回転させるには間にダミーボーンを挟むのが仕様ということなんですか?

要望の追加です。
リギングでボーンをY軸回転させるときにスナップできるようにしてほしい。
曲げ、傾き機能が改良はいっていますけど、これのハンドルから生えているトゲを頂点にスナップして方向を調整する機能がイメージそのままの機能なので、これと同等機能を追加してほしいです。

>>回転とは「回転」操作のことですか？
>回転操作です。
>4.6のボーンリストをボーン表示にしたときの操作が自然に感じます。
>4.7はノードモードオンリーですけど、分岐させたボーンを別々に回転させるには間にダミーボーンを挟むのが仕様ということなんですか?

MayaやUnity,MMDをはじめ、ボーンに対応しているソフトの大半がそうで、FBX/Collada/PMD/glTFなどのファイルフォーマットもすべてこちらの仕様ですので、4.7で変更しました。
自然に感じるかどうかではなく、こちらが業界標準ですので、それに合わせております。

予感はしていましたが仕様でしたか。
とはいってもボーンを分岐させる構造は分岐したボーンを別々に回転させられることを期待してそうしているので、ダミーボーンを挟むような機能は必要になると思います。

詳細設定の[回転後に戻す]のオプションがオンになっていませんか。

面の裏表を定義できないので仕様ですね。
フリーズした後で[オブジェクト]→[面を片面化]するを実行してください。
面の向きが逆になっていたら全選択して[選択部処理]→[面を反転]で面の向きを反転させてください。

テキスト形式にしたい場合は旧形式を選択してください。
または、mqozは中身は単なるzipファイルなので、中にあるmqoファイルを取り出して編集してください。

>または、mqozは中身は単なるzipファイルなので、中にあるmqoファイルを取り出して編集してください。
この方法で対応することにします。TIPSとしてヘルプのほうにも記載をお願いします。
mqoz形式で作成されるmqxの中身が改行されずに鮨詰めで記述されていて可読性がないのでこれは修正をお願いします。(旧形式の4.6では正しく出力されています)

>テキスト形式にしたい場合は旧形式を選択してください。
この形式では4.7以降で拡張された機能には対応されるのでしょうか?

>mqoz形式で作成されるmqxの中身が改行されずに鮨詰めで記述されていて可読性がないのでこれは修正をお願いします。(旧形式の4.6では正しく出力されています)

ファイル量削減のためのもので、また直接編集は推奨しておりませんので、特殊な用途を優先するような仕様再変更はできかねます。
mqxは中身がxmlファイルなので、一般的なxmlパーサ・整形ツールなどが利用可能です。そちらの利用をご検討ください。

>この形式では4.7以降で拡張された機能には対応されるのでしょうか?

mqo単体とmqoxでは文字コードの扱いなどで一部違いはありますが、基本は共通なので、現時点では4.7での追加項目はmqo単体にも含まれます。

>ファイル量削減のためのもので、また直接編集は推奨しておりませんので、特殊な用途を優先するような仕様再変更はできかねます。
一例なんですがmqoz形式で450kBのデータを4.6形式で出力してzip圧縮したデータは456kBとデータ圧縮は誤差の範囲でしかなく、mqoz内のmqoデータは従来どおり改行されているので筋が通らないのではありませんか。
データを直接編集するのはバッドノウハウなんですが、他に方法が無い以上はユーザーはそうするしかなく、また過去にトラブル対応でデータを直接見ることがありましたし、今後もそのようなことは確実にあります。
いままでメモ帳で済んでいたところが専用のアプリを要求されるのは煩わしいですし、わずかな容量削減のために可読性が犠牲になるのは到底納得のできるものではありません。
そういう事情があるのでmqxデータは従来と同じ形式での出力でなければ困ります。
機能的な必然性がないのであれば改行するようにしてください。

どうしても改行が必要なら旧型式で保存するようお願いします。こちらは従来通り改行されたものが出力されます。
なおxmlファイルと異なり、mqoは行単位でデータを扱うため改行コードは必須です。もしなければ正常に読み込めません。

3Dプリンター用のデータを扱うことを考えれば数百MB、数GB単位になるんでデータ圧縮の必要性は議論の余地もないわけですが、mqxファイルを改行する/しないことによるデータサイズの違いは2パーセントにも満たずデータの可読性を捨てることと釣り合うようには思えません。
データの可読性はデータの保守性とも直結する要素なので蔑ろにするべきではありません。過去/今後に登場するmqxファイルにデータを出力するようなプラグインの動作の確実性が保証されるのかという疑問もあります。
某大手ソフトウェアはファイル形式をブラックボックス化していたりするなか、metasequoiaのテキスト形式で整然と記述されたデータ形式は、データ解析の技術がなくても直接データを確認できるというのは利点であると思っています。
目先の小さな利益のために利点を投げ捨てるような真似はしてほしくありません。

>どうしても改行が必要なら旧型式で保存するようお願いします。こちらは従来通り改行されたものが出力されます。
今後もmqoz形式と並行して保守されていくのでしょうか?

明らかにxmlに関する知識をお持ちでないようですが、それならなおさらテキストエディタでの直接編集なんてするべきではありません。ファイルを破損させるだけです。xmlの編集ツールは無料のものでも以下をはじめ多数ありますので、お好きなものをご利用ください。
https://matome.naver.jp/odai/2137757720761195001

大手ソフトウェアのWord(docx)やExcel(xlsx)でも同様に改行のないxmlをzipファイル内に格納していますが、それが問題なんて言ってる人は聞いたこともありません。xmlをきちんと理解していればご指摘の内容はまったく的外れで杞憂であることがわかるはずですよ。本件に関してこれ以上のコメントはいたしませんのでご了承ください。

コメントしないとは書きましたが、書き忘れたことがあったのでもう一つだけ追記。
テキストエディタでもメジャーなものならたいてい標準機能かプラグイン・マクロ等でXML整形機能があり、例えば秀丸用なら
https://hide.maruo.co.jp/lib/macro/reformxml.html
だったり、専用の整形機能がなくても単なるテキストの置換で
http://wakame551.hatenablog.com/entry/2015/04/11/132510
のように、解析技術なんてなくても簡単にできるのですけどね。。。。