ハイライトされる色を環境設定で変えれるようにできるとさらに良いです。

プラグインで同等のものは作ってもらったのですが、ポリゴン数が多いと描画がかなり重くなったので常に表示しておくのが大変だったので、同じことが標準で軽く表示できればと思いました。

https://wiki.python.org/moin/TkInter
http://forum.cockos.com/showthread.php?t=106560
を参照して

sys.argv=["Main"]
import tkinter
from tkinter import *
tkinter._test()

みたいなコードでtkinterが動きそうなところまでいったのですが、

Can't find a usable init.tcl in the following directories:
    {C:/Program Files/tetraface/Metasequoia4/Python/lib/tcl8.5} {C:/Program Files/tetraface/lib/tcl8.5} {C:/Program Files/lib/tcl8.5} {C:/Program Files/tetraface/library} {C:/Program Files/library} {C:/Program Files/tcl8.5.11/library} C:/tcl8.5.11/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

というエラーであと一歩というところで動きません。どうもinit.tclなどが入っているディレクトリ(C:/Program Files/tetraface/Metasequoia4/Python/lib/tcl8.5)がごっそり抜けているようです。
一緒に配布するというわけにはいかないでしょうか？

Python3.3のC:\Python33\tclから、tcl8.5とtk8.5をC:/Program Files/tetraface/Metasequoia4/Python/libへコピーしたところtkinter._test()でちゃんとダイアログが表示されました。
一応C:\Python33をPython33.bakにリネームして、更にメタセコも再起動して実験してみましたが、ちゃんとtkiner使えるみたいです。（メタセコのインストーラーで上記２つのフォルダをインストールしてもらえれば・・・）

画面外のどこかにあるというのが正しければ、設定ファイルを消すか内容を書き換えるのが手っ取り早いかと思います。

C:\Users\(ユーザー名)mizuno\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4_x64
にあるMetaseq.setting.xmlを削除して起動するか、
設定ファイルが消えると困るならテキストエディタで開いてEditPanel内のLeftとTopを0に書き換えれば大丈夫かと思います。

ここに限らず全体にフォントがメイリオだとちょうどになるよう調整してますが、
他のフォントはあまりテストしていないので、MSゴシックだと特に材質のアイコンがいま一つなことになるようです。

たしかに、メイリオだと材質のアイコンのサイズがオブジェクトと同じぐらいになりました。
オブジェクトの方は行間が変わっただけのようですが、材質のアイコンがフォントで変わるということは材質のアイコンだけ記号の■を使ってるのでしょうか？
オブジェクトと同じであればフォントに影響されることはないと思うのですが…。

メイリオですと必要以上に行間が開いてしまってリストが長くなるのでMSゴシックを使ってます。
アイコンのサイズをフォントに依存しない形に対応して頂ければと思います。

Ver4.1β1でフォントに依存されずオブジェクト、材質とも同じサイズになるのを確認しました。
かなり見やすくなりました！
対応ありがとうございます。

>現在起動すると、かならずビューが透視状態で起動します。
>平行で作業して終了した場合、次回起動時はそのまま平行状態で起動してほしいです。
>
>毎回起動時に手動で平行状態にしてるので対応ご検討お願いします。

激しく同意

>オブジェクト名の部分でだけ反応するように修正お願いします。
正確には、オブジェクト名の部分以降（表示、ロック、色、階層のアイコン部分は反応しないように）です。

修正よろしくお願いいたします。

メタセコにボーン機能は標準で付いておらずこれは、プラグインのKeynoteだと思います。
基本的にプラグインで起きた問題はプラグインの作者にまず質問しましょう。
Keynoteの場合、作者はmqdlさんです。