mqxはボーンに限らずプラグイン全般で使用されるファイルで、
プラグインが更新されるたびに内容が変更されることがあります。
そのためフォーマットとしてその仕様を公開する予定はありませんが、
中身は単なるxmlファイルですので外部プログラムからの読み込みも難しいものではないと思います。

追記です
具体的に述べると、現在FEM（有限要素解析）の実験を行っており、骨にプレートを当てて応力分布を調べています。
この際にプレートのSTLとしての形状データは手元にあるのですが、そのプレートデータが面に囲まれているだけで、中の領域が空洞になってしまっています。
実験で用いるには、メタセコイア上でプレートを切断して、実験に用いる必要があります。しかし、この切断したプレートをそのまま用いると、中空領域が露わになってしまい、実験に支障をきたします。
そこで、この中空領域を満たした状態で実験を行いたいのですが、その方法がわかりません。
よろしくお願いします。

切断面に面を張って閉じた形状データにしたいということでよいですか?
一番手軽な方法として<穴埋め>で開口部分の辺がハイライトされるのでそこをクリックして閉じてしまう方法があります。
生成される面はnゴンになるので必要があれば選択部処理から面の三角形化で三角形ポリゴンに変換してください。

ファイルと追加説明

ローカルで組んだAグループを複製するとローカル軸が異なる複製ができます。下の階層になるに連れ基本軸がヅレたようになってしまいます。
Aグループを同階層にして複製すれば同じものができる解決法は見つけました。
時間が空いた時にでもみてやってください。

こちら確認いたしました。
不具合になりますので次のリリースで修正いたします。

45beta2、出先でちょっとだけ見ただけのとりあえずなレビューで申し訳ございません。
MMDのテンプレートの目ですが、外斜視の人のような状態になっていて扱いにくいです。
それと根本基準ですが、目のダミーの伸ばし方が先端基準と同じになってしまっています。
修正をお願いします。

ちなみに、LE版からの癖で3面図は使ってません。

現行バージョンについては視線方向の回転を無効化する方法はありません。
Ctrl+右ドラッグで常にバンク角が回転するようになっております。

マッピングはされているのでしょうか?
していない場合は同じUV座標に色が変わった箇所の全ての頂点が配置されていて、そのせいでペイントしたときに全て変わってしまうのでは。