ブーリアンが失敗する原因は多岐にわたり、面の重なりや穴の他にも、
・頂点同士が近すぎる（近接する頂点をくっつけるで対策可）
・面が両面になっている箇所がある
・データ量が多すぎる
など色々あります。
片方のオブジェクトを（見た目に影響ない程度に）少しだけずらすなどで解決できることもあるのですが、原因の特定ができないため対策が難しいことは認識しております。

現在、ブーリアンエンジンをもっと堅牢なものに刷新することを
検討しており、早ければ次のアップデートで導入できるかもしれません。
もうしばらくお待ちください。

>ブーリアンが失敗する原因は多岐にわたり、面の重なりや穴の他にも、
>・頂点同士が近すぎる（近接する頂点をくっつけるで対策可）
>・面が両面になっている箇所がある
>・データ量が多すぎる
>など色々あります。
>片方のオブジェクトを（見た目に影響ない程度に）少しだけずらすなどで解決できることもあるのですが、原因の特定ができないため対策が難しいことは認識しております。
>
>現在、ブーリアンエンジンをもっと堅牢なものに刷新することを
>検討しており、早ければ次のアップデートで導入できるかもしれません。
>もうしばらくお待ちください。

返信ありがとうございました。
アップデート、お待ちしております。