対応いただきありがとうございました。
最新バージョン(4.2.1)にて①②の症状が改善していることを確認しました。

今回バージョン4最新版を使用させていただいた感想なのですが、個人的には機能面での不満はありません。
ですが、バージョン3.1.6では作業に直接影響する不具合がないため、依然として同バージョンが使いやすいと考えています。

バージョン4.2.1では今回報告させていただいた他に、現時点で4つほど別のバグを確認しています。
しかしながら、これを逐一報告させていただくのはこちらも労力を要するものとなってしまいます。
やはり出荷時点で可能な限りバグがないソフトを使用したいというのが、ユーザーとしての願いです。
ご多忙であるとは重々承知しておりますが、出荷前のチェック強化を検討していただけましたら幸いです。

この度は、ありがとうございました。

UV操作各種詰め合わせ UVToolsX ver.1.2
http://bowlroll.net/up/dl34790

拙作プラグインですが、UVPowerToolsと同じようなことができます。
なおSelect版は未作成です。
よろしければどうぞ

ローカル座標編集 SetLocalAxis
http://bowlroll.net/up/dl32555

拙作プラグインですが、これでローカル軸を設定できます。
（ローカル軸中心の移動と、軸回転の2ステップ必要ですが）
>・辺を１つ選択して、それをそのまま回転軸とする
>・頂点を２つ選択して、その２点を結んだ（架空の？）辺を回転軸とする
設定したローカル軸で回転させることができるかと思います。

いちおう、Twitterアカウントに紐付けられたアップローダです。他にもプラグインを公開しております。
信用していただけるかはご判断ください。

>おっしゃっているのは「中心」ではなく「重心」にしたいということだと思いますが、

　中心ではなく、重心でした。

>重心にすると頂点の分布に粗密がある場合に中央からだいぶ偏った位置に来てしまって直観的に操作しづらくなるケースが多々出てくるため、

　是非ともおっしゃっていることを理解して納得したいのですが、この部分に関しては具体的にどういうことなのか想像も付かずわかりません。
　可能であればもう少しわかりやすい具体例などを示して頂けるとありがたいと思います。

>三角錐のような基本図形の中心を保持したまま回転したいということでしたら
>[回転]コマンドではなく[ローカル]コマンドの回転モードのほうを使うといいかと思います。

　基本図形や単純な形の中心がXYZ軸0位置にある時だけのことを言っているわけではありません。

　例えば奇数個の頂点を選択して操作する時（回転だけではなく拡大縮小にも影響がありますので）それが奇数個なのか偶数個なのか毎回確認して操作しなければならないというのは使い勝手が良いとは思えません。

　複数の頂点を選択し、中心から等距離で回転拡大縮小（いずれか）させたい場合、それが偶数個の頂点であれば等距離で回転拡大縮小できますが、奇数個の頂点であった場合、重心から回転拡大縮小されないため、中心から等距離にはなりません。
　このことに気付かず手数を進めていってしまうと、結局その後の作業のほとんどが無駄になってしまい、この前の地点に戻ってやり直さなければならなくなってしまうこともあり得ます。

　また、これが作り始めたばかりでXYZ0軸上にあるならばローカルコマンドや、回転拡大縮小にあるローカルボタンを使って重心を得ることも容易なのですが、それ以外の位置で実行しようとした場合、正しく等距離で回転拡大縮小させることは容易でないと思うのですがどうでしょうか。

押し出しの最後の角へこみも押し出すだけで９０度のピラッミッドのような物体が簡単に作れる角度があると便利だと思います。

Ver4.2.1で問題が解決されているのを確認しました。
対応ありがとうございます。

Ver4.2.1で問題が解決してるのを確認しました。
対応ありがとうございます。

Ver4.2.1で穴あけコマンドの、対称対応、BackSpaceキーで戻れるのを確認しました。
その他コマンドでも同様に戻れるようにしていただきありがとうございます！
大変使いやすくなりました。