無事展開することができました。ありがとうございます

返信が遅れましてまことに申し訳ありません。
4.4.0で修正、となっておりますが、私が申し上げました内容は変化無しでした。
shiftかctrlを押せば元にもどるので、そのうち治るだろうから気長に待とうと思い、HP内「変更点についての詳細」のチェックを怠っていました、すみません。

私自身この症状の頻度は高くないためどうやって発生しているのかはわかりませんでしたが、私の環境で100%発生する手順が見つかりましたのでご報告申し上げます。
1,「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」のショートカットを ctrl + shift + E や ctrl + shift + alt + p など ctrl + shift を含んだものにしておく。
2,選択コマンドないし「全て選択」などでいくつかの面や頂点を選択する。
3,移動コマンドに変え、ハンドルを表示しておく。
4,1の操作どれかを行う。
5,4の成否(くっつける等)にかかわらずハンドルが回転ツールのリング状のままになる。
6,複数の頂点や面を選択している場合、ハンドルに触れないように操作すれば移動はできるが右クリックマージが効かない。一度化けたらハンドルを消しても、別の面や頂点を選択しても戻らない。
7,ハンドルが表示された状態でctrlかshiftを1回押すか、ツールを切り替えるなどすれば元に戻る。

　全ての組み合わせを試したわけではありませんが、ctrl + shiftを含むショートカットを設定した場合にハンドル化けが発生するかは動作によって違うようです。「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」では化けが発生しますが「材質を指定」「材質パネル」では発生しませんでした。
　「ハンドルの表示が正常な状態で右クリックマージした直後に4番の操作をしてもハンドルは化けない」「ハンドルが非表示の状態で4番の操作をしてもハンドルは化けない」など、化けにいたるにはいくつか条件がある模様です。
　メタセコイアがより良くなるための一助となれば幸いです。

>スキャンデータだと穴が開いていたりはしませんか？
>4.4で新ライブラリの導入により精度自体は向上しているはずですが、オブジェクトが穴のない一枚皮の状態になっていることが条件となります。

meshmixerとメタセコイアを併用して使っています。MeshMixerの一括穴埋めを使って穴埋めし、一部加工後メタセコイアで修正加工しています。今日はすべてうまく行きました。ブーリアン機能は向上しているのですね？ ありがとうございます。 こちらの操作ミスもあるかもしれませんので、もう少し様子を見てみたいと思います。

ナイフでは確認できましたが、エッジの追加では対称にならないです。
ナイフでも何度か切っていると添付した画像のように面が消えてしまうことがあります。
どこにも接続されていない頂点が残っていてopenGL表示のときだけ表示されています。
このデータを保存するとその頂点はなくなります。
画像の時点ではオブジェクトパネルでは12頂点ありますが、一度保存して開いたデータでは10頂点になっています。
バージョンは4.4.3です。

>常駐の実装を望むよりC++プラグインを勉強したほうがいいみたいですね

Pythonでの常駐型サポートも計画がないわけではないですが、技術的問題もあって目途がたっていないので、
常駐するタイプのものについてはC++でのプラグイン開発をお願いいたします。

実際に高精度で何回か試してみましたが、UV同士が高速の1より近くなるに精度を上げて詰めてるようですね。
ただ、つめ込まれた結果がそれぞれが近くなってるけどUV同士が寄ってるだけで他の部分が隙間だらけになっていました。
計算時間が掛かるわりにあまりよい結果ではないので、UV同士を近づける目的ですと単純に余白の広さを1以下に設定できるようになってほしいです。

また、以前要望でお出しした各UVのサイズをモデルのメッシュの面積を元に平均化するオプションと、オブジェクトリストで各オブジェクトに含まれるものは近くに配置するオプションがやはりほしいです。

それらに対応して高精度として計算が時間がかかるなら良いかなと思います。