obj形式のグループ情報（レイヤー）ですが、出力はだいぶ昔から対応していますが、入力のほうは対応したのがつい最近のVer4.5.7からです。
obj形式の入力でグループ情報が必要な場合は最新のMetasequoia 4をご利用ください。

まず、問題を切り分けましょう。
MetasequoiaとZBrushを使っていてMetasequoiaで出力したデータをそのままもう一度Metasequoiaで読み込んでみればいいだけです。
この場合、ZBrushは関係ありません。

後は、一つのパーツとして読み込まれてしまうようになりました。
とありますが以前はOBJでもレイヤーが分かれて読み込まれていたということでしょうか？

MetasequoiaのVer3.1のOBJインポーターはMetasequoiaでレイヤー分けした情報は読み込まれません。
統合して1オブジェクトで読み込まれる状態が正しいです。
オブジェクトが分かれて読み込まれるのは、Ver4で最近対応されました。

もしこれまで、OBJが分割されて読み込まれていたならメタセコ標準のインポーターではなくダウンロードしてきたプラグインのインポーターを使用されていたのではないでしょうか？
ファイルを開くで、ファイル名の横の形式の部分で確認してください。
標準のOBJインポーターは、「Wavefront(*.obj)」です。

また、頂点が接続されてしまったということならインポート時に「近接頂点を接合」にチェックが入ってしまったのではないしょうか。

大変ご丁寧な対応をいただきありがとうございます
メタセコVER4だと正確にレイヤー分けされて保存されるということでしょうか

それならこの機会にアップデートしてみたいと思います
因みにBLENDERやZBRUSHとの連携の親和性はver4,4EXで差はあるのでしょうか
どちらを購入するのかの参考にしたいのでよろしくお願いします

EX版ですと、FBXのエクスポート、インポートができるのでボーン付きデータの連携製が高いです（他で組まれたリグまでは無理ですが）
ZBrushもFBXで読み込めば、レイヤーがサブツールにそのまま読み込まれますよ。
EX版オススメです。

直接取り込むので変換とは言わないのではと思いますが、MMD上で普通に「モデル操作」内の「読込」でPMDファイルを指定するだけだと思います。

>ウェイト色の違いってなんでしょうか？

ウェイトの値に応じた色が割り当てられますので、色が違っていればウェイトの値も異なるということです。

重心を計算する機能は現在提供されていません。
他社製品で検証はしておりませんがフリーソフトでMeshMixerだと重心計算できると聞いたことはあります。

私はこのスクリプトをつかっています。
n角形の面を選択するスクリプト
http://blog.metaseq.net/2014/02/n.html

マウスカーソルが入力欄内へ移動 -> 全選択
この状態でクリック -> クリック位置に入力カーソルが移動
なので問題ないように思いますが、どういうことでしょうか？

問題はありません。
ただ、
クリック→編集カーソル出現
ダブルクリック→全選択
に慣れているので設定等で変更可能かどうか質問しました。

そのような不具合は弊社では確認できませんが、例えばオブジェクトにロックがかかっていて面を選択できていないなど、何か操作上の問題ではないでしょうか？
今一度詳細をご確認いただきたく存じます。

ファンクションキーでの状態記憶に対応したのがもう十数年前なので正確な理由は定かではわかりませんが、当時に編集オプションも記憶したいという意見があったためではないかと思われます。
今の仕様がベストではないかもしれませんが、何を使いやすい、使いにくいと感じるかは使い方次第で人により千差万別だとは思います。