・VRMのバージョン（0.x/1.0のどちらか）
・Unity/UniVRMのバージョン
・「別のソフト」の名称
など具体的な情報が何一つとしてないので、何も回答や調査をすることができません。
こういった質問には必ず可能な限り詳細情報・操作手順などをご記載いただけますか。

失礼しました。

メタセコイア4：Ver.4.8.7(64bit)
unity：2022.3.61ｆ
UniVRM-0.129.0
VRM:0.x
他に試したものはVRMLiveViewerになります。(読み込み自体はできていると思いますがモデルが画面に表示されず)
VroidHubでもアップロードできませんでした。

まずメタセコイア4からFBXで書き出したものをunityに読み込み、そこは問題なくできました。
その後VRMで0.xで書き出し(この時点なら、VRMLiveViewerでも問題なく動作すること確認済み、再度unityでも読み込み可能)
そこから、メタセコイア4で読み込みを行い、そのまま0.ｘで再度書き出す
この動作を行うと、VRMLiveViewerでもうまく読み込みが行われず、同じ環境下のunityでもプレハブが表示されず編集ができない、という状況です。

Ver4.8.7は既に古いバージョンで、その後にリリースされたバージョンでVRM出力におけるUniVRMとの互換性向上など、関連しそうな変更点も含まれています。
まずはメタセコイア本体を最新版にアップデートして試してみてください。

>Ver4.8.7は既に古いバージョンで、その後にリリースされたバージョンでVRM出力におけるUniVRMとの互換性向上など、関連しそうな変更点も含まれています。
>まずはメタセコイア本体を最新版にアップデートして試してみてください。

今試しにアップデートして試してみましたが、駄目でした。
症状は変わりません。

当方ではUnity、VRMLiveViewerともに動作確認に用いており、最新版で確認済みの問題はないのですが、その最新版でもダメとなると、何らかの特定の条件で問題に引っかかることがあるのかもしれません。ただ、実際に確認してみないことにはなんともわかりません。

もし可能でしたら、Unityで書きだしたvrmファイルと、メタセコイアで出力し直したvrmファイルをご提供いただけないでしょうか。弊社サポートのメールアドレスまでお送りいただければ、当方で調査いたします。

>当方ではUnity、VRMLiveViewerともに動作確認に用いており、最新版で確認済みの問題はないのですが、その最新版でもダメとなると、何らかの特定の条件で問題に引っかかることがあるのかもしれません。ただ、実際に確認してみないことにはなんともわかりません。
>
>もし可能でしたら、Unityで書きだしたvrmファイルと、メタセコイアで出力し直したvrmファイルをご提供いただけないでしょうか。弊社サポートのメールアドレスまでお送りいただければ、当方で調査いたします。

サポートのアドレス宛に送付させていただきました。
お手数ですがよろしくお願いいたします。