利用できる機能のバージョン対応表です。
http://www.metaseq.net/jp/version.html

修正には時間がかかるのでしょうか？このままでは使えないのでとりあえず応急処置として、Clone元のオブジェクトのUVを参照しながら、Clone先のUVを埋めていこうかと思ったのですが、新たな疑問が出てきました。新規作成したオブジェクトのUVが全部ゼロです。

新規に回転体を作成して模様テクスチャを円筒マッピングしても、GetFaceCoordinateArrayが全部ゼロになってます。なぜかファイルに保存すると、正しいUVがセットされるようになります。Compactでは変化がありません。同じ条件でExportプラグインからは、最初から正しいUVになってました。Export=保存だからでしょうか？プラグインの種類によって挙動が変わるのでしょうか。

最初の件ですが、Clone/FreezeしてUVが全部ゼロのオブジェクトも、AddObjectするとUVがセットされることはわかったのですが、これでは使い物にならないので、やはりCloneした時点でUVも更新してほしいです。もしくは別な関数で。

とにかくどの時点でUVが正しくセットされるのか、挙動に統一感がなくてよくわかりません。StationプラグインはUV周りの編集を許可しないとか、そういう暗黙の仕様とかはないですよね？

こちらは不具合ではありません。
平面・円筒・球による動的なマッピング形式は常にUV値を保持しなくてもよいため、
描画時に必要になるまでは計算を行わない仕様となっています。

今のところAPIとして明示的にマッピングを反映させる関数は提供していないため、
マッピングパラメータから直接計算するかまたは一回は描画が行われないとUV値を取得することはできないということになります。

ご存知かどうかわかりませんが一応補足しておくと、プルダウンを表示しているときにA-Z、0-9（テンキーでないほう）を押すと
その項目に移動してそのままEnterを押すと確定できるので、マウス操作のみに比べると選択は楽になると思います。

マテリアル順にソートしてから描画しているので透過描画の結果が違います。
透過はマテリアルの並び順を変えることで対応できます。
この方法のほうが描画のパフォーマンスがよいはずなので現状維持を希望します。

必ずしもマテリアルが分かれてるとは限りませんの対応できません。
PCスペックも高くなっていますし、体感できるレベルで違いが出ないならDirectX9と表示の挙動は合わせて頂きたいです。

もしくは、DirectX11の設定としてどちらの処理にするか指定出来るようにしてほしいです。

チェス盤のように交互にマテリアルが入れ替わる状態だと体感できるレベルで著しく描画速度が落ちることが確認されております。
DirectX9は今更感があるのでマテリアル単位での描画ではなく内部の面インデックスの順序のままですが、
DirectX11ではワーストケースでも高いパフォーマンスを保てるようマテリアル単位で描画を行うようにしました。

面インデックスの順にしたところで半透明描画の不正確さは改善できないので中途半端な変更を行うつもりはありません。
複雑化するシェーダをどう管理するかが問題なので未着手ではありますが、Order independent transparencyを導入して根本解決する必要があると考えております。